RNE SEQ in the CATNON trial bij glioompatienten

Doel van dit project:  Allereerst wordt steeds vaker de MGMT promoter methyleringsstatus met methyleringsarrays bepaald, terwijl onduidelijk is hoe dat bij IDH gemuteerde tumoren zonder verlies van chromosoom 10 leidt tot veranderde MGMT expressie. RNAseq kan nieuwe fusiegenen bij deze groep patiënten laten zien, en inzicht geven in pathway veranderingen. Dat kan aanknopingspunten bieden voor de ontwikkeling van nieuwe behandelstrategiën. En net als de TCGA zal deze dataset een bron worden voor andere onderzoekers op dit gebied.

Bijdrage Stichting STOPhersentumoren: 80.000,- euro per 3 oktober 2019

Hoewel kanker wordt aangedreven door de accumulatie van genetische veranderingen, kan de progressie en agressiviteit van kanker worden aangedreven door veranderingen of verschillen in het fenotype van kankercellen en plasticiteit daarin. Dergelijke verschillen zijn geïdentificeerd zowel methylatieprofielen als methylatieprofielen geassocieerd met progressie en door transcriptomische analyse. (4-10) Om de tumoren in de CATNON-studie verder te bestuderen, vinden we het daarom belangrijk om ook RNA-sequencing uit te voeren op monsters in de CATNON-trial, ter aanvulling van de gerichte sequencing en genoombrede methylatieanalyse. (11, 12 ) Aangezien de middelen beperkt kunnen zijn, willen we eerst het transcriptoom karakteriseren van specifiek de IDHmt-tumoren die zijn ingeschreven in de CATNON-studie. Na voltooiing zal de klinische en moleculaire informatie beschikbaar worden gesteld voor verder gebruik door andere onderzoeksgroepen.

Doel van dit project:
1. Identificeer markers van vroege progressie
2. Identificeer markers geassocieerd met behandelingsrespons
3. Bepaal het immuungenomische landschap van IDHmt astrocytomas
4. Correlatie van MGMT RNA-expressie met methylering van CpG-plaatsen met het MGMT-promotergebied

Eindresultaat:

Momenteel zijn bij ongeveer 600 patiënten mutatie- en methyleringsanalyses uitgevoerd. In het voorjaar van 2020 zal een klinische update van de studie worden uitgevoerd die een extra jaar follow-up toevoegt. We verzamelen ook monsters van tweede operaties die parallel zullen worden geanalyseerd met het internationale GLASS-project, dat tot doel heeft gepaarde monsters van eerste en tweede operaties bij glioompatiënten moleculair te analyseren. (3) De eerste resultaten van deze verdere analyse van de CATNON-studie zullen worden gepresenteerd in het najaar van 2020 op de SNO-vergadering.  ErasmusMC prof. dr. Martin van den Bent