Doel van dit project: Het ontwikkelen van een onderzoekmodel voor ependymomen. Om de gezondheidsresultaten bij kinderen met deze tumoren te verbeteren, is het essentieel om te begrijpen hoe en wanneer ze ontstaan. De complexe cellulaire heterogeniteit van deze tumoren heeft echter een uitgebreide studie van hun oorsprong en ontwikkeling belemmerd. De opkomst van single-cell genomics-technologieƫn heeft het mogelijk gemaakt om complexe weefsels op het niveau van individuele cellen te bestuderen, waardoor identificatie en kwantificering van de cellulaire componenten van het weefsel mogelijk is.
Bijdrage Stichting STOPhersentumoren: ā¬ 30.000,- per 8 mei 2022.
Achtergrond: Hersenkanker is de meest voorkomende solide tumor bij kinderen, en tumoren van de achterste fossa (PF), die voorkomen in het cerebellum en de hersenstam, zijn de meest voorkomende vorm van hersenkanker bij kinderen. Deze tumoren hebben een hoge morbiditeit en mortaliteit. PF-ependymoom, met twee moleculaire subtypes PFA en PFB, heeft een intermediaire prognose met een totale 5-jaarsoverleving van 80%. Er zijn geen gerichte therapieƫn voor deze tumoren en de behandeling vereist bestraling en/of cytotoxische chemotherapie, wat een hoog risico op ontwikkelingsachterstand en langdurige neurologische stoornissen met zich meebrengt.
We voerden scRNA-seq uit op in totaal 15 tumoren (acht medulloblastoom, vier PFA-ependymoom en drie C-PA) en vonden significante heterogeniteit op het RNA-expressieniveau. Binnen een bepaald monster brachten alle tumorcellen transcripten tot expressie die overeenkwamen met dezelfde ontwikkelingslijn, maar binnen elke populatie observeerden we cellen die waren gevorderd door tussenliggende stadia van de lijn, wat wijst op arrestatie of gedeeltelijke rijping van een gemeenschappelijke voorloper. De hier voorgestelde experimenten zullen voortbouwen op deze observatie om tumorafstammingskaarten met hoge resolutie te genereren die transcriptoom- en chromatine-toegankelijkheidssignalen van celidentiteit integreren. In het kort is het doel hier om gematchte scRNA-seq- en scATAC-seq-profielen te genereren voor 4 PFB-cerebellaire tumoren bij kinderen, en een ontwikkelingslijnkaart voor dit tumortype te bouwen. Om dit te doen zullen we multiomic eencellige sequencing uitvoeren op 4 PFB ependymoma-tumoren door de Chromium Multiome-assay toe te passen op weefselmonsters van tumoren die zijn verkregen tijdens mijn chirurgische praktijk bij SickKids. De gekozen tumoren hebben allemaal voorlopige resultaten van eencellige of bulksequencing die een significante intratumorale heterogeniteit in hun expressiepatronen laten zien, wat wijst op gedeeltelijke rijping langs de ontwikkelingsas.
Verwachte uitkomst: Het vinden van een onderzoekmodel. Dit soort werk is absoluut cruciaal - aangezien er geen modelsystemen zijn voor PFB-ependymoom, zou elk onderzoek naar een remedie zonder onderzoek model op dit moment hetzelfde zijn als proberen een enkele mug neer te schieten in een verduisterd voetbalstadion. Het is mogelijk om geluk te hebben, maar buitengewoon onwaarschijnlijk.
Zie al onze andere nieuwsberichten in ons nieuwsoverzicht en blijf op de hoogte door ons op Facebook, Twitter of LinkedIn te volgen.
